管理与支撑系统 
办公室  党委办公室（监督审计室）  人事教育处（研究生教育管理）  科研计划处  黑土专项办公室（重大项目办公室）  财务处  条件保障处　　

信息中心　 学术期刊中心 　分析测试部  公共技术服务中心　　

科研系统 
中国科学院湿地生态与环境重点实验室(湿地生态与环境研究中心)　　　 
中国科学院黑土区农业生态重点实验室　　    中国科学院大豆分子设计育种重点实验室
遥感与地理信息研究中心　　　              东北区域发展研究中心 
吉林省草地畜牧重点实验室                  黑龙江省黑土生态重点实验室
吉林省生态恢复与生态系统管理重点实验室    吉林省碱地生态经济工程实验室
长白山湿地与生态吉林省联合重点实验室      吉林省作物分子设计育种工程中心

野外平台 
三江平原沼泽湿地生态试验站　  海伦农田生态系统国家野外研究站　　
大安碱地生态试验站　　　　　  长春净月潭遥感实验站 
长岭草地农牧生态研究站        兴凯湖站

学术团体 
中国科学院湿地研究中心　　　  中国生态学会湿地生态专业委员会　　　　  吉林省地理学会　　
吉林省遥感学会　　　　　　　  吉林省环境科学学会环境地学专业委员会