微生物在微观尺度上彼此之间以及与它们的多细胞宿主之间相互作用，形成复杂的网络空间模式。以往的技术，包括16S/18S/ITS扩增子测序和宏基因组测序，缺乏同时研究宿主与其众多定殖微生物之间空间相互作用的能力。这种局限性阻碍了对植物或动物组织内宿主与微生物相互作用的理解。空间宏转录组学（SmT）和空间宿主微生物群落测序（SHM-seq）技术是一项最近新兴的技术，该技术利用16S rRNA、18S rRNA、ITS和poly-d(T)多模式阵列来同时表征组织中宿主的转录组和微生物组。相对于传统的高通量测序和体内成像技术，该技术能获取来自宿主的空间转录组信息以及植物微结构上相关微生物的分布信息。

目前，团队已建立该空间宏基因组技术分析体系，相关内容在Trends in Plant Science发表Technology of the Month评述论文。东北地理所项目聘用穆朋为论文第一作者，李向楠研究员为通讯作者。研究得到了中国科学院战略性先导科技专项（XDA28020400）和国家自然科学基金（32372228）的共同资助。

SmT/ SHM-seq的技术原理及流程

论文信息:

Peng Mu,Weiqiang Li,Lam-Son Phan Tran,Xiangnan Li. (2024),SmT/SHM-seq: simultaneously capturing spatial transcriptome and microbiome information in plants. Trends in Plant Science,29,11:1277-1278.

论文链接：

https://doi.org/10.1016/j.tplants.2024.09.010.